Heroes racconta la storia di alcune persone le cui vite sono sconvolte dalla scoperta di possedere poteri straordinari.

A seguito di un'eclissi solare, il giovane infermiere Peter Petrelli crede di poter volare; la cheerleader Claire Bennet scopre di essere indistruttibile; l'impiegato Hiro Nakamura manipola il tempo e lo spazio; il pittore Isaac Mendez sa prevedere il futuro; la madre single Niki scopre un inquietante segreto nello specchio e il poliziotto Matt Parkman si accorge di sentire i pensieri altrui. Le loro vite si intrecciano con quella dello scienziato Mohinder Suresh, che riprendendo le teorie del padre assassinato, ha scoperto l'esistenza di geni nel DNA umano in grado di originare superpoteri.

Gli "eroi" cercano di venire a patti con lo sconvolgimento delle loro vite: alcuni abbracciano la propria condizione straordinaria, altri ne sono spaventati, altri ancora vorrebbero ignorarla e tornare alla vita di sempre; alcuni vorrebbero usarla per il bene comune, altri per il proprio tornaconto, il tutto mentre sono alle prese con i loro problemi personali.

Peter si confida con il cinico fratello Nathan, interessato solo alla propria campagna elettorale; Claire deve fare i conti con i segreti della sua famiglia adottiva; Parkman è alle prese con un matrimonio e una carriera in pericolo; Mendez ha una dipendenza dall'eroina che lo porta a essere abbandonato dalla fidanzata Simone; Hiro deve convincere lo scettico Ando a lasciare il loro lavoro a Tokyo e accompagnarlo a New York per salvare il mondo; Niki tenta di crescere il figlio Micah senza il marito DL che si trova in prigione. Ben presto si accorgono che forze più grandi lavorano nell'ombra e sembrano conoscere segreti sui loro poteri che essi stessi ignorano.

Una misteriosa organizzazione spia gli eroi, li rapisce e sottopone a esperimenti; un potente mafioso tira le fila di una cospirazione politica e uno spietato serial-killer, anch'egli dotato di superpoteri, li cerca uno ad uno per ucciderli e impadronirsi delle loro abilità.

Passo dopo passo, il destino li conduce a incontrarsi per tentare di impedire una catastrofe che sta per abbattersi su New York City.

Ma per riuscirci dovranno prima "salvare la cheerleader per salvare il mondo".