Dopo aver trovato in Antartide una base degli Antichi, la razza ormai scomparsa costruttrice degli stargate, si scopre che una particolare sequenza di simboli collega lo stargate terrestre con una stazione situata nella galassia Pegasus. L'energia necessaria per attivare il collegamento è enorme ed quindi possibile un balzo solo: viene quindi approntata una spedizione multinazionale con lo scopo di esplorare la nuova galassia, nella speranza di scoprire qualcosa di pù sulla civiltà degli Antichi.

La destinazione è Atlantis, una base sottomarina costruita dagli Antichi millenni prima nella galassia Pegasus. Qui i membri della spedizione terrestre troveranno altre colonie di esseri umani, ma soprattutto dei nuovi, temibilissimi nemici.

E' lo spin-off di Stargate SG1