Meredith va al bar di Joe per ubriacarsi dopo aver scoperto che Derek è sposato e lo comunica a George e Cristina che restano allibiti ma quando George va in bagno Cristina le dice di essere incinta, poi Joe sviene all’improvviso e lo portano in ospedale.

Addison dice a Derek che è lì per lavoro, Richard l’ha chiamata per occuparsi di un caso allora lui va a lamentarsi dal primario ma Webber gli dice che non può anteporre la sua vita privata al lavoro, inoltre dice che durante la degenza lo sostituirà Burke perché lui va a letto con una specializzanda.

Burke invita Cristina a cena ma lei è indecisa così lui le lascia un po’ di tempo per decidere, poi assegna Meredith a Addison per fare un dispetto a Shepherd, ma si rende conto che la vita da primario è molto più complicata di quanto credesse.

Derek, Burke e Cristina si occupano di Joe, dovranno eseguire un intervento molto difficile in cui il suo cuore verrà fermato per 40 minuti, l’intervento oltre a essere rischioso è anche costoso e dato che Joe non ha l’assicurazione non può permetterselo.

Addison e Meredith si occupano di una donna incinta di due gemelli che è stata tradita dal marito e quindi tratta male Meredith perché scopre che va a letto col marito di Addison, la situazione della paziente è molto critica ma riescono a salvare sia lei che i bambini; poi quando è tutto risolto Addison dice davanti a Meredith e alla paziente che non è stato Derek a tradirla ma bensì lei e quindi la paziente deve smetterla di trattare male Meredith.

Webber ordina a George di controllare tutto quello che succede in ospedale per poi riferirglielo visto che stando a letto non può controllare tutto; O’Manley vede Burke e Cristina che si baciano nelle scale ma decide di non riferirlo al capo anche se poi lo dice a Meredith, che ovviamente rimprovera Cristina per non averle detto nulla in tutto questo tempo.

George parla al primario della situazione economica di Joe ma Richard dice che loro devono solo operare il paziente e non preoccuparsi della sua situazione finanziaria; George però trova un escamotage, infatti, dato che George sarà morto per 40 minuti può far risultare che il suo corpo verrà donato alla scienza in cambio di una donazione da parte di qualche fondazione scientifica che quindi pagherà il costo dell’operazione; Webber all’inizio è arrabbiato con O’Manley ma poi acconsente.

L’intervento di Joe va alla grande e quando Alex scopre cosa ha fatto George lo ringrazia e lo abbraccia mettendo da parte il rancore per il pugno; Cristina accetta l’invito di Burke ma lui decide di troncare la loro relazione perché adesso che è primario ha troppe responsabilità e non vuole che Richard lo punisca come ha fatto con Derek.

Alla fine della giornata Meredith va a trovare Derek per sapere la sua versione della storia, lui dice di aver trovato Addison a letto con il suo migliore amico Mark così l’ha lasciata ed è venuto a Seattle dove ha conosciuto lei; poi Meredith va al bar di Joe e Cristina dice che alla clinica per abortire doveva dare il nome di una persona che si occupasse di lei dopo l’intervento e ha dato il suo nome, così Meredith la abbraccia.