Kensei immobilizza Hiro e lo stordisce con il fumo dell’oppio. Poi rivela che Barba Bianca gli ha offerto qualunque cosa desiderasse in cambio della cattura di Hiro e Kensei ha domandato metà del Giappone e Yaeko come sposa.
In Ucraina, Noah invia le fotografie dei dipinti a Mohinder prima di bruciarli tutti. Alla Compagnia, Mohinder attacca il telefono in fretta e furia mentre suona un allarme. Il padre di Matt tenterà di entrare nel palazzo, come rivelano Matt e Nathan che hanno trovato la foto marchiata di Bob.

Peter e Caitlin vagano per le strade di New York City, ma non incontrano neppure un’anima: sono tutti stati evacuati dal Dipartimento della Sicurezza Interna. Un veicolo corazzato viene loro incontro e un gruppo di uomini in tute di decontaminazione li afferra e chiede loro se sono infetti.

Al suo risveglio Claire trova West nella sua cucina che le prepara i waffle per colazione.
Quando la signora “Butler” esce dala cucina, Claire rimprovera West per essersi presentato senza invito. Lui le mostra un ritaglio di giornale su una cheerleader ubriaca che dice di aver visto un ragazzo volante e Claire si agita al pensiero di essere scoperta.

Bob spiega a Suresh che intendono attirare Maury per iniettargli il virus. Mohinder è preoccupato che il virus finisca per spargersi tra la popolazione. Ma Bob continua con il suo piano e dice a Matt che lui è l’unico che può fermare suo padre, poiché possiedono la stessa abilità.

Yaeko riesce a liberarsi e sottrarre Hiro al fumo dell’oppio. Hiro teleporta se stesso, Yaeko e il padre di lei in un posto sicuro. Nella New York del futuro Peter e Caitlin vengono sottoposti a docce decontaminanti e interrogati. Peter apprende così che lo credono morto e che a partire dal marzo 2007 il virus di Shanti si è manifestato nella popolazione. Ha ucciso il 93% della popolazione mondiale.

Matt si scusa con Molly, che è ancora in coma, per averla convinta a trovare Maury e le confida che non crede di poterlo fermare. Quando le dice “ti voglio bene”, i parametri vitali di Molly sembrano migliorare. Nel corridoio, Mohinder esprime a Niki la sua contrarietà a utilizzare il virus. Niki però ripone fiducia nella Compagnia. All’improvviso alle sue spalle compare D.L. che l’accisa di essere un’assassina. Niki crede di essere pazza, ma in realtà è opera di Maury che è nascosto dietro una porta.

Nathan chiede a Bob chi sia "Adam Monroe," l’unico dei fondatori della Compagnia di cui non ha mai sentito parlare. Bob spiega che Adam era l’anima del gruppo, il visionario che li ha convinti che avevano lo scopo di cambiare il mondo. Parlava di piaghe e olocausto e di “purificare” l’umanità. Adam era un leader e sta utilizzando Maury, come arma. Linderman stesso era un suo discepolo. In passato erano riusciti a rinchiudere Adam, ma questi è riuscito a fuggire. Bob rivela a Nathan che Peter è vivo e in qualche modo è rimasto coinvolto da Adam.

Peter ritrova sua madre, ma non la riconosce. Lei gli rivela le sue abilità. Peter apprende che suo fratello nel futuro è stato ucciso dal virus. Flash di memoria della sua vita precedente tornano nella mente di Peter. Uscendo, vede Caitlin che viene portata via. Cerca di intervenire, ma senza volerlo, si ritrova teleportato nel presente.

Claire e West si coccolano sul divano, ma lei è distratta dai marchi sul collo del ragazzo. Mentre si spostano in cucina, Bennet rientra improvvisamente. West lo riconosce e trascina Claire fuori e la ragazza non ha scelta se non dirgli la verità: è proprio suo padre che lo ha rapito anni prima. Spaventato, West vola via prima che Bennet lo veda.

Suresh sorprende Niki a parlare da sola mentre Maury le fa credere di vedere D.L. Quando cerca di calmarla, lei gli assesta un pugno sul viso. Nel frattempo, Hiro attacca l’accampamento di Barba Bianca per distruggere le munizioni, ma Kensei lo sta aspettando. Hiro ripone ancora fiducia in lui, ma il samurai combatte per ucciderlo. Scoppia un incendio, e Hiro riesce a teleportarsi via prima che la tenda esploda.

Bob mostra a Nathan un video di Peter girato proprio nella sede della Compagnia. Niki, ancora sotto l’influenza di Maury, irrompe violentemente nella stanza e tenta di iniettare il virus a Nathan. Matt va in cerca di suo padre, ma si ritrova imprigionato in una stanza, in un incubo, insieme a Molly. Tuttavia, in qualche modo Matt riesce a portare là Maury. Usando tutte le sue forze, Matt riesce a uscire dall’incubo insieme a Molly e a lasciarvi dentro Maury, intrappolato. Molly si sveglia, mentre Maury è a terra incosciente. Intanto Niki si è autoiniettata il virus per evitare di fare altro male.

Hiro trova la maschera di Kensei tra le rovine dell’incendio e torna da Yaeko a darle la notizia che l’esercito di Barba Bianca è in rotta. Yaeko gli dice che il vero Kensei è lui, Hiro Nakamura. Ma Hiro sa che la sua ultima prova come nella leggenda, richiede che rinunci al suo amore per salvare il Giappone. Hiro le dice che deve tornare a casa e con un bacio, i due si dicono addio.

Suresh inietta il proprio sangue a Niki per sradicare il virus. Ma quando si accorge che non funziona, lo scienziato capisce che la nuova variante del virus è immune agli anticorpi del suo sangue.
In ufficio, Ando trova una maschera da samurai sulla sua scrivania. Si volta e vede Hiro sorridente dietro di lui. Ma la loro felicità è presto interrotta quando Ando dice a Hiro che suo padre è stato assassinato.

Suresh dice a Bob che la nuova variante sembra incurabile. Bob promette di distruggere tutte le provette rimanenti, poi mostra a Mohinder un file riguardante Claire; Bob afferma che la giovane cheerleader è la loro unica speranza per curare Niki. Mohinder obietta che Noah non sarà d’accordo e Bob gli rivela dell’omicidio di Ivan. Stupefatto dalla condotta di Bennet, Mohinder ammette che stava lavorando contro la Compagnia. Bob dice che sta per arrivare una tempesta e che Mohinder deve scegliere da che parte stare.

Bennet furioso rinfaccia a Claire di aver messo a rischio la loro copertura dopo aver visto l’articolo di giornale. Claire gli chiede dove sia stato, ma Bennet per tutta risposta ordina alla famiglia di fare le valigie.

Peter si ritrova nel magazzino da dove era partito. Un rumore lo spaventa e un uomo sconosciuto sbuca dal nulla, affermando di conoscerlo. Si tratta di Adam Monroe, precedentemente noto col nome di Takezo Kensei.