Sydney, Vaughn, Jack e Dixon sono stupiti dalla scelta del loro nuovo capo da parte della direttrice della CIA Hayden Chase. Formeranno una nuova divisione, una sorta di S-D 6 dei "buoni".
Sydney e Vaughn sembrano potersi riconciliare anche se il passato ha lasciato ferite per entrambi; Vaughn ha ucciso Lauren ed incendiato la sua casa... Syd ha scoperto che suo padre ha qualcosa a che fare con il suo passato di inganni e misteri... Sloane, che è il responsabile del OAP (Only Authorized person) manda in missione Syd proprio con Jack per trovare un samurai dei giorni nostri.