Ad Atene, nel night-club dove Sakkoulas ha il suo quartier generale, i piani di Sydney vanno in fumo quando è fermata da Sakkoulas e dai suoi uomini dopo aver dovuto avvicinarsi all'uomo per ottenere la scansione della sua retina, e Sydney non riesce ad entrare nell'ufficio di Sakkoulas: è Dixon ad entrare e scaricare i file, dando all'SD-6 le informazioni che cercavano.
Vaughn rivela a Sydney, tornata a Los Angeles, di aver segretamente registrato la loro precedente conversazione, spiegandole che uno degli agenti della CIA uccisi era suo padre Michael Sr. Sydney è confusa ed agitata, e cerca conforto andando a trovare il suo amico Will.
A Creta, Sydney irrompe nel deposito di missili, mentre Vaughn comunica con lei via satellite.
Hassan rifiuta di comunicare il codice corretto fino a quando non otterrà una garanzia scritta che sua moglie e suo figlio riceveranno la giusta protezione negli Stati Uniti. Vaughn e Weiss corrono per scrivere la garanzia e farla firmare da Devlin, capo della CIA, e Sydney riesce a tornare così a Los Angeles col misterioso dispositivo.
Sydney e Vaughn organizzano un incontro con Devlin per comunicargli le prove che hanno riscontrato contro Jack, ma sono sorpresi quando Devlin e Jack, insieme con altri otto agenti anziani, entrano nella stanza. E Jack rivela quello che gli altri, tranne Sydney e Vaughn, già sanno... che non era lui l'agente del KGB, ma lo era la madre di Sydney...