Sydney è intrappolata in Romania. si sveglia infatti in una vasca per l'elettroshock, interrogata dall'agente del Direttorio K ma non senza 'qualche' difficoltà, con l'aiuto di Shepard, riesce a rifugiarsi in una casa protetta della CIA. La vista di Shepard è stata influenzata dagli ordini ricevuti dalla FTL, e quando l'uomo vede verso Sydney, guarda tutto in bianco e nero e non riesce a ricordare tutto pienamente. Man mano che la sua memoria torna, Shepard rivela a Sydney di essere stato il killer di Danny. Dopo una crisi di pianto, Sydney cerca di perdonarlo, dato che Shepard non era in effetti responsabile delle sue azioni quando ha ucciso Danny.
Will è ancora sulle tracce del misterioso assassino di Danny, ma la sua direttrice Litvack rifiuta di inserire la storia nel giornale fino a quando non avrà prove reali piuttosto che congetture.
All'SD-6, Sloane ha decodificato la comunicazione dell'FTL tramite il DNA tratto dal cadavere di Parkashoff, e dalla comunicazione si scopre che un altro manufatto di Milo Rambaldi è stato inviato per essere analizzato alla Facoltà di Ingegneria di Oxford. Sloane incarica Sydney di andare a prendere il manufatto.