Sydney indossa una parrucca con i capelli corti, e sta fuggendo in macchina da un gruppo di auto della polizia... dove sta cercando di andare? E da chi sta scappando? La fuga di Sydney finisce al porto, e Sydney capisce che è circondata dalla polizia e si butta con l'auto in mare...
Nel frattempo, Jack dice a Vaughn che la sua copertura all'SD-6 sarà distrutta se lei rimarrà ancora sotto custodia dell'FBI. Vaughn rilegge a fondo la profezia e scopre che, secondo Rambaldi, la donna della Profezia non avrebbe mai visto il monte Subasio in Italia. Dato che l'FBI interpreta il significato della Profezia in modo letterale, Vaughn ha un piano per riuscire a liberare Sydney e provare la sua innocenza: Vaughn e Jack decidono di far partire in qualche modo Sydney per farle vedere la montagna. Se avranno successo, l'azione libererà Sydney dal sospetto di essere la donna della Profezia.
L'interrogatorio prosegue, e Sydney parla di sua madre, una donna senza scrupoli che ha lavorato per anni come spia del KGB uccidendo parecchi agenti, e che mentre veniva inseguita in auto da un agente dell'FBI è finita fuori strada e scomparsa con l'auto in un fiume. Sydney spiega poi come funziona la sua vita da agente doppiogiochista: l'SD-6 le da' una missione da compiere, poi lei si incontra con Vaughn che le assegna una contromissione della CIA. Sydney parla dell'esplosione di Badenweiler per illustrare le contraddizioni in cui si può venire a trovare.
Quando Haladki viene a sapere dell'evasione, informa immediatamente l'FBI, scoprendo che quattro auto non segnate sono state portate fuori, comunicando all'FBI o numeri delle targhe. Prima di imbarcarsi sull'aereo, Sydney incontra suo padre e gli rivela il modo in cui è scappata alla polizia, notando il parallelismo con la vicenda della morte di sua madre Laura... e se lei è riuscita ad ingannare la polizia in questo modo, forse anche sua madre ha fatto la stessa cosa... e forse la donna raffigurata nella Profezia di Rambaldi è sua madre e non lei...