In Tunisia Sydney riesce a salire sullo yacht come una turista il cui motoscafo ha finito la benzina prendendo il manoscritto di Rambaldi e lasciando Sark e i suoi colleghi dietro sulla costa.
Due uomini mascherati rapiscono Will all'uscita della prigione, tirandolo fuori dalla sua auto e portandolo in un magazzino abbandonato. Gli uomini minacciano Will di interrompere le sue indagini, o la sua famiglia e i suoi amici (compresa Sydney) verranno uccisi. Will non sa chi sono gli uomini che lo minacciano, ma l'uomo che gli parla con la voce contraffatta è proprio Jack, padre di Sydney.
Durante la cena, Sydney si allontana e riesce ad aprire la cassaforte di Sloane, prende la pagina 47 sostituendola con un'altra pagina bianca falsa, e in silenzio chiude la cassaforte. Quando si gira per tornare a tavola, Sydney si allarma trovando Sloane alla porta, chiedendosi se l'uomo ha visto qualcosa. Durante la cena, Emily si complimenta con Will per un suo articolo che gli ha permesso di vincere il premio Caplan, e Sloane si informa sugli articoli attuali di Will.
Usando la fiala del liquido di Rambaldi che McKenas Cole aveva cercato di rubare, la CIA riesce a rivelare il contenuto scritto della pagina 47 del manoscritto. Vaughn è sconvolto da quanto vede, e immediatamente si incontra con Sydney per mostrarglielo. Sydney prende la pagina... e vede un ritratto di una donna somigliante in modo impressionante a lei. Come ha fatto il mistico del 15° secolo a disegnare una sua immagine nel manoscritto?