Sydney è sempre più decisa a distruggere l'SD-6 con l'aiuto di Vaughn e della CIA, Sydney: l''SD-6, composta da più di 200 gruppi e contatti, non soltanto quelli dell'ufficio di Los Angeles dove lei lavora.
Sydney ritorna a lavorare all'SD-6 e riceve l'incarico da Sloane di andare con Dixon a Mosca per intercettare e recuperare alcuni file rubati ed appartenenti ad arsenali nucleari sovietici-americani. A Mosca, Sydney e Dixon riescono a recuperare i documenti, e Sydney riesce senza farsene accorgere a far copiare a Sloane i dati contenuti nei dischetti appena arrivati all'aeroporto di Los Angeles. Dai dischetti Sloane scopre che un dispositivo nucleare della Guerra Fredda è sepolto da qualche parte negli Stati Uniti: Sydney viene inviata in un cimitero in Virginia, dove trova una tomba con il nome del contatto (Ivanov): la tomba contiene il dispositivo nucleare pronto ad esplodere, e soltanto grazie ad un'improvvisa telefonata a Marshall la bomba viene disinnescata scongiurando l'esplosione.
Vaughn, arrabbiato, informa Sydney che l'SD-6 ha venduto l'arma nucleare che lei ha ritrovato ad Ineni Hassan, un trafficante d'armi che sta al Cairo. Sydney, che conosce Hassan, si offre di recarsi al Cairo per riprendere la bomba, e chiede al padre Jack di nascondere il suo viaggio in modo che l'SD-6 non sappia nulla.
Al Cairo, Sydney riesce a trovare la bomba e ne recupera il nucleo di color verde, ed è pronta a ripartire quando una pistola è puntata alla sua testa, e si tratta di Hassan...