Dopo essere stata paracadutata sulla villa ed aver compiuto la missione, Sydney trova Vaughn privo di conoscenza proprio mentre Khasinau si prepara ad eseguire un'operazione chirurgica su di lui. Sydney rivive Vaughn con un'iniezione di adrenalina direttamente nel petto. In seguito, Vaughn spiega a Sydney di esser potuto fuggire nell'acqua a Taipei grazie alla sua abilità di nuotatore e dopo aver usato un cacciavite per aprire una grata e scappare dai corridoi allagati, ma poi è stato comunque catturato dagli uomini di Khasinau che lo hanno portato in Francia. Quando la dottoressa Barnett chiede a Sydney di Vaughn, la ragazza va sulla difensiva.
La CIA manda una squadra di uomini, tra cui Sydney, Vaughn e Weiss, a Barcelona, sulla base di informazioni ricavate dalla cimice e filtrate in modo che l'SD-6 non ne sappia nulla. La "Bibbia", un importantissimo manuale operativo del cartello di Khasinau e Irina Derevko, che si trovava a Taipei, sta per essere consegnato a Khasinau su un molo del porto di Barcellona. Tramite un congegno automatico, Irina spara a raffica su Weiss, che resta ferito, e sugli altri agenti, permettendo a Khasinau di scappare con la Bibbia. Sydney insegue Khasinau fino ad un magazzino, dove i due lottano ma vengono raggiunti da Irina. Irina uccide Khasinau e prende con sè la Bibbia, e prima di andare via dice a Sydney che "la verità richiede tempo".
Tornata a Los Angeles, Sydney dice a Will di essere contenta di non dovergli più mentire; i due vengono raggiunti da Francie, che dice di voler aprire un suo ristorante. Sydney poi partecipa ai funerali di Emily Sloane, dove fa un sentito discorso ma pensa che sia stato Arvin Sloane ad uccidere la moglie. Jack porta a Sydney una notizia sorprendente: ai quartieri generali della CIA Irina si è presentata, arrendendosi e dicendosi pronta a collaborare...