La CIA ha localizzato il dott. Hans Jurgen, il creatore del macchinario per il Progetto Helix, e si pensa che l'uomo conosca l'identità del secondo duplicato. In un sex-club di Berlino Sydney, travestita da "dominatrice" ed armata di frustino, lega Jurgens bloccandogli mani e piedi: Jurgens è in cerca di avventure sessuali, ma è sorpreso quando nella stanza entra Vaughn e comincia a scattare delle fotografie di lui con Sydney. Minacciato di ricatto e di invio delle foto alla moglie, Jurgens giura di non conoscere l'identità del duplicato, ma afferma che i dati del DNA del duplicato sono conservati in una server-farm europea.
Jack viene a sapere che dopo analisi accurate si è scoperto che le impronte digitali di Will sono state messe sul detonatore dopo che è stato ripulito, e organizza la partenza di Sydney per la missione a Marsiglia senza avvertire Kendall e senza autorizzazioni ufficiali, capendo che perderà il comando del Centro operativo, cosa che puntualmente avviene in seguito quando Kendall torna al comando.
Nella server-farm a Marsiglia, l'obiettivo di Sydney è di assicurarsi un interruttore indossato dal capo della sicurezza ed evitare la cancellazione dei dati del server. Vaughn finge di essere un ubriaco in auto, distraendo le guardie all'ingresso e permettendo a Sydney di entrare nell'edificio. Sydney scopre però con orrore che Irina ha già ucciso il capo della sicurezza ed ha in mano l'interruttore, che aziona cancellando tutti i dati del server. Irina assicura comunque Sydney di aver copiato preventivamente i dati trasferendosi ad una locazione sicura, e darà il codice a Sydney in cambio di un favore.
Will, credendo di potersi fidare soltanto di Francie, la chiama. Lei lo passa a prendere in auto e i due vanno via...