A Budapest, Sydney, con parrucca bionda ed occhiali, si introduce nell'ufficio della Magistratura, nel computer e scarica i file, ma quando Dixon la porta alla sala delle ricerche, Sydney trova un uomo che istruisce giovani studenti su come assemblare una pistola. Le armi di prossima generazione sono proprio i bambini!
Sloane spiega che i bambini vengono addestrati da agenti dormienti. I test standardizzati europei localizzano i bambini più intelligenti, che vengono sottoposti ad un programma di addestramento di un mese che viene poi cancellato dalla loro memoria, e i bambini vengono rispediti alle proprie case. Quasi certamente il KGB stava sviluppando un programma simile negli anni 1980.
Alla CIA, Vaughn identifica l'istruttore dei bambini nell'ex-agente del KGB e psichiatra Valerie Kolakov. Contro i desideri di Jack, Sydney si offre di catturare la Kolakov, che adesso si trova a Buenos Aires. Più tardi, Vaughn dice a Jack che dirà lui tutto a Sydney sul Madagascar e sul suo tentativo di incastrare Irina se non sarà lo stesso Jack a farlo.
A Buenos Aires, Kolakov attacca Sydney con una pistola immobilizzante, ma rimane folgorato quando Sydney lo fa cadere nell'acqua. Sydney trova un puzzle tridimensionale e inconsciamente lo completa in pochi secondi. Quando Sydney si fa sottoporre ad ipnosi dall'agente Kerr, rivede se stessa a 6 anni che, dopo aver assemblato una pistola, la da' al padre Jack! Sydney affronta suo padre con i suoi ricordi: la missione di Irina era lo smascheramento del "Progetto Natale", un piano sviluppato dallo stesso Jack per addestrare dei bambini a diventare spie per il Governo americano. Sydney afferma che Jack aveva paura che Sydney avrebbe scoperto tutto, accusando il padre di averla programmata per diventare una spia ed andando via in lacrime...