A Zurigo, Sloane si scusa con la dottoressa Barnett e le chiede di venire fuori a cena con lui. Lei accetta, unicamente "per ragioni professionali". Al ristorante, la Barnett dice a Sloane che la sua trasformazione da spia a benefattore è impressionante, chiedendogli che segreto stia nascondendo. Sloane si infuria, così la Barnett va via.
I dati recuperati da Marshall rivelano che la bomba al plasma è su un'imbarcazione liberiana a Lisbona. Arrivati a Lisbona, Sydney e Vaughn usano un dispositivo di tracciamento, ma qualcuno spara contro di loro e colpisce Vaughn.
Si ritorna all'inizio dell'episodio: dopo che Vaughn va via, Lauren riceve una telefonata da Sark. La Convenzione vuole la bomba al plasma, e Sark chiede a Lauren informazioni per impadronirsene, cosa che Lauren fa grazie al meeting della CIA in cui Dixon spiega la situazione. Sydney dice a Lauren di non essere responsabile per i problemi del suo matrimonio. Lauren poi incontra Sark all'azienda di Vancouver, dove lei impianta il virus e costringe l'impiegato a sparare a Sydney e Vaughn. Quando l'uomo, terrorizzato, spara a vuoto, Lauren lo uccide e scappa via. Lauren e Sark riescono a fuggire in auto evitando che Sydney e Vaughn li prendano, poi iniziano a baciarsi e fanno l'amore.
Sloane si scusa con la dottoressa Barnett, e le rivela il suo segreto: ha avuto una relazione con Irina Derevko, senza che Jack e Emily lo sapessero. Sebbene non abbi amai cercato di provarlo, forse Sydney è figlia di Sloane