Alla CIA, la squadra scopre che la "Convenzione", un'affiliazione di nazionalisti russi, è dietro il rapimento dei due agenti CIA a Berlino. La Convenzione minaccia di uccidere gli agenti se le sue richieste non saranno accolte. Sydney accetta di recuperare un pacchetto che hanno lasciato in un cinema a luci rosse a Monaco. Dixon informa Sydney di un gruppo di terapia per gli agenti che hanno perso la loro memoria; Jack confessa a Sydney che due anni prima i suoi "resti" sono stati cremati, e Vaughn ha sparso le sue ceneri in mare, e Sydney è un po' turbata vedendo il suo nome tra quelli degli agenti CIA caduti in servizio.
Al cinema di Monaco, Sydney recupera il pacco e lo apre, ritrovando la testa di uno dei due agenti CIA. Nella bocca dell'uomo si trova un biglietto con la richiesta: la Convenzione chiede la liberazione di Sark in cambio dell'altro agente ancora prigioniero, lo scienziato Peter Klein. Sydney obietta alla richiesta, ma Lindsey dice che Sark, da due anni loro prigioniero, non ha più segreti da rivelare e, in base alle informazioni fornite da Sloane, rischia di essere ucciso dalla stessa Convenzione. Sydney va a trovare Vaughn nella sua classe, dove l'uomo insegna francese, e gli dice di poter accettare il suo ritorno alla CIA se lui vorrà farlo. Vaughn le dice che dopo la sua "morte" lui ha perso il controllo e ha cominciato a bere: era profondamente innamorato di lei, ma non si pente di esser andato avanti con la sua vita.