La CIA sorveglia un aereo nei monti Urali che utilizza l'arma biologica contro una prigione: viene notato Sark mentre estrae il solo sopravvissuto, Kazari Bomani, il principale trafficante d'armi in Africa. La Convenzione ha dunque utilizzato l'arma per far evadere Bomani.
Dato che era stato Sloane un anno e mezzo prima a far arrestare Bomani, la CIA decide di chiedergli maggiori informazioni, e viene organizzato un incontro a Città del Messico. Sull'aereo per il Messico, Lauren cerca di convincere Sydney a farsi trasferire in un altra divisione della CIA minacciandola, ma Sydney non la ascolta. Mentre Lauren e Sydney aspettando Sloane, l'uomo sta per entrare nell'edificio ma viene rapito davanti alle due donne e costretto a salire su una vettura in cui si trovano Sark e Bomani. Sloane, cercando di evitare di essere torturato, afferma a Bomani di poterlo far discolpare. Lauren si scusa per aver minacciato Sydney. Più tardi, in ospedale, Vaughn ha un incubo in cui Sydney lo bacia sul letto dell'ospedale, poi lo accoltella: Vaughn si sveglia bruscamente e trova Lauren accanto a lui.
Sloane torna alla CIA ed afferma che Bomani lo ha lasciato andare in cambio di informazioni: i suoi contatti alla Yakuza, la mafia giapponese, hanno sviluppato un virus per computer con un'intelligenza artificiale che si immette nelle reti e si riscrive. Il virus potenzialmente può far crollare i mercati, rovinare le banche, paralizzare l'esercito. Sloane vuole che la CIA disabiliti il virus, ma non che lo distrugga: se Bomani infatti trovasse il virus distrutto ucciderebbe subito Sloane, che adesso suggerrisce di poter fare l'agente doppiogiochista, lavorando per la Convenzione e per Bomani ma rimanendo leale alla CIA. Sydney ha molti dubbi, ma la macchina della verità di Marshall verifica che Sloane è sincero nelle sue intenzioni.