Meredith lascia che William Dunn si faccia male alla testa senza intervenire e senza chiamare Shepherd o gli infermieri, dice alla Bailey che l'uomo vorrebbe donare gli organi al bambino ma Miranda vuole che sia Derek a decidere perché è un suo paziente.

La situazione di Jackson è molto grave, gli rimangono poche ore di vita e i medici fanno di tutto per tenerlo in vita in attesa di organi nuovi, Izzie però non riesce più a gestire le visioni di Denny e non riesce a concentrarsi sul lavoro.

Owen si risveglia pulito e spogliato nel letto di Cristina ma anche se lei ha badato a lui tutta la notte, va via prima che si svegli; quando si incontrano in ospedale lui si scusa per il comportamento della notte precedente e chiede di avere un'altra possibilità, lei dice che lui ha molti problemi ma acconsente.

Lexie rompe l'osso del pene di Mark mentre fanno sesso in una stanza dell'ospedale, alcuni tirocinanti sentono tutto e la notizia si sparge in fretta ma nessuno sa chi è la donna che ha fatto il danno; Sadie capisce che è stata Lexie perché è troppo nervosa e quando i colleghi insinuano che potrebbe essere lei, Sadie dice di aver rotto il pene di Sloan per difenderla.

Derek vuole chiedere a Meredith di sposarlo ma prima mostra a Cristina l'anello che gli ha dato sua madre la notte prima, vuole il suo parere e vorrebbe anche che lei stesse vicino a Meredith dopo la proposta perché sa che avrà bisogno di sfogarsi e anche se non hanno ancora fatto pace dovrebbero mettere una pietra sopra perché hanno bisogno l'una dell'altra.

Webber incarica George di andare in terapia intensiva a cercare un donatore per Jackson, però chiede di farlo con discrezione perché non possono obbligare i familiari dei pazienti a donare gli organi.

Parlando con Denny Izzie capisce di essere malata, lui lo sapeva già e, infatti, è tornato per questo, lei si arrabbia perché ha aspettato a dirglielo e gli chiede di andarsene perché vuole vivere.

Cristina capisce che c'è qualcosa che non va con Dunn e quando scopre che è in condizioni gravi chiama Shepherd per intervenire subito, Derek ovviamente rimprovera Meredith per il suo comportamento irresponsabile e perché si sta lasciando manipolare da un serial killer che per lui non merita compassione.

Miranda non riesce a guardare Jackson che muore così va nella sala operatoria in cui hanno portato William e chiede a Derek di non operarlo perché tanto tra cinque giorni sarà morto e i suoi organi potrebbero salvare un bambino; Shepherd si ferma e chiede alla Bailey se vuole che lui sia un boia o un chirurgo perché se non opererà ucciderà il paziente e allora lei a malincuore gli dice di operare.

George trova un uomo compatibile a cui stanno per staccare la spina, Richard cerca di convincere la moglie a donare gli organi perché salverebbero una vita umana, la donna all'inizio lo manda via ma poi ci ripensa permettendo di operare Jackson proprio quando ormai i medici lo davano per morto.

William è dispiaciuto perché ha avuto paura di morire e chiedendo a Cristina di essere aiutato pensa di aver deluso Meredith, lei dice che è normale avere paura della morte e non deve sentirsi in colpa, lui allora le chiede di venire all'esecuzione perché gli piacerebbe vedere un viso amico tra il pubblico.

Callie e Owen operano Mark per sistemargli il pene prima che ci siano danni permanenti, lui si vergogna tantissimo e non riesce a guardare Lexie per tutto il giorno ma alla fine lei gli fa compagnia dopo l'intervento con l'aiuto di Sadie che fa la guardia fuori dalla stanza.
Meredith assiste all'esecuzione di William, quando esce trova Derek ad aspettarla e confessa di essere andata per mostrargli un po' di compassione ma adesso è distrutta; siccome non smette di piangere, Derek la porta da Cristina perché pensa sia l'unica in grado di calmarla.