Gli specializzandi del quarto anno diventano assistenti: il dottor Webber decide di dar loro la possibilità di dimostrare di saper operare da soli. Tutti indossano la divisa blu scura, tranne Lexie che non essendo del quarto anno resta a svolgere le solite mansioni. I capi reparto, invece, sono chiamati a un compito molto impegnativo: convincere Webber ad assegnare al loro reparto un milione di dollari. Ognuno si prepara il suo discorso: Mark vuole investire quei soldi in un centro per ustionati e per la chirurgia plastica ricostruttuva, Derek vuole investirli nella ricerca contro l'Alzahimer, Callie chiede che le siano assegnati perché il futuro dell'ortopedia sta nella ricostruzione con tessuti animali, Arizona vuole migliorare il reparto pediatrico; Teddy vuole investire sulla cardiochirurgia, Owen chiede di spenderli per la formazione di un team di emergenza che sia in grado di operare anche in situazioni di crisi, come la sparatoria. Infine la Bailey chiede di utilizzare quei soldi per riparare tre macchinari rotti e per assumere una infermiera per il turno di notte. Intanto gli assistenti si danno da fare: Avery conquista la fiducia di Derek che gli concede un intervento; Meredith si trova a dover operare una paziente da sola; Alex convince la mamma di un tredicenne a permettere che venga eseguita una mastoplastica sul figlio; Cristina - dopo un'intera giornata in cui non si espone e si rifiuta di collaborare - riesce a convincere la commissione trapianti a concedere nuovi polmoni a un paziente. Il dottor Webber decide di premiare l'idea di Owen e si congratula con lui.